Die Strecke ist ein nach IAAF-/AIMS-Richtlinien vermessener Kurs. Sie wird während des Laufes von Polizei und Helfern verkehrsfrei gehalten.

Jeder Kilometer ist deutlich mit Hinweisschildern gekennzeichnet. 

Die Marathon-Laufstrecke führt durch die Rostocker Innenstadt, den Stadthafen, die Warnow entlang, durch den Warnowtunnel in den IGA Park und wieder zurück. Der Halbmarathon startet am Warnowtunnel und führt durch den IGA-Park und an der Warnow entlang in die Rostocker Innenstadt. Der Schülerlauf findet auf einem Rundkurs in der Innenstadt statt.